寺伝によると、１３８５年(至徳２年)、日英を迎えて寺か建立されたそうです。
　山門を入ると、正面の本堂の右手には「血の池」と呼ばれる日上人修行の池があります。その奥には、日親石像を安置する日親堂があります。
　日親が２１歳のとき、「仏の教えを広めるためには、苦しみに負けないように修行しなければならない」と考え、百日間境内の池で水を浴びてお経を唱えました。それから、毎日自分の爪を１本ずっ抜き、出てきた血で墨をすり十界の曼荼羅(まんだら)をかいたそうです。そして、熱い湯の中に手を入れ、その湯がさめるまでお経を唱えたそうです。曼荼羅とは仏の世界や教えをわかりやすく図に示したものです。

　聖武天皇の時代の７３０年　行基が全国行脚の途中、ここで頭脳明晰、記憶力増進をかはる虚空蔵求聞持法（頭脳明晰・記憶力増進の秘宝）の修行したときの伝説が残されている。
　本尊は虚空菩薩（智慧と頭脳明晰と広大無辺の宇宙を掌る仏様）で、行基が彫って祀ったと伝えられている。その後、源頼朝が、秘仏として３５年に１度だけ開帳するように命じたと伝わる。現在は、毎年１月１３日に御開帳して拝める。
　また、１月、５月、９月の１３日には「護摩焚き供養」が行われている。

　祭神は後鳥羽天皇、順徳天皇、土御門天皇。
　「承久の乱」（１２１２年）の朝廷側の人物たちで、幕府は勝利をおさめ、後鳥羽帝を隠岐へ、順徳帝を佐渡に配流し、両帝ともその地で歿した。また、土御門帝はみずから土佐、のちに阿波へおもむいた。
　その争いに勝つには勝ったものの、幕府は後鳥羽帝の怨霊をおそれ（実際にさまざまな怪異が生じたという）、１２４７年（宝治元年）四月に当社を創建した。そのときか、のちのことか不詳ながら、順徳帝を合祀、土御門帝は明治以降の合祀である。

　旧本山は大本山本圀寺（六条門流）。通師・堀ノ内法縁。
　建長５年（１２５３年）に日蓮が安房より移り住んだ松葉ヶ谷草庵跡に開かれたとされ、現在も境内奥の山腹に「御小庵趾」の碑がある。ただし、ごく近隣の安国論寺、長勝寺も、それぞれ松葉ヶ谷草庵跡を称しており、すべて開山は日蓮、創建は草庵が置かれた建長５年としている。
実質的な開山は日蓮より数えて第５世となる楞厳法親王妙法房日叡（りょうごんほうしんのうみょうほうぼうにちえい）で、延文２年（１３５７年）のことである。

　白旗神社のある所は、源頼朝の館のあった大倉御所の北隅で、持仏堂があった所。頼朝の死後は、法華堂と呼ばれ、ここに葬むられていました。源頼朝の持仏堂であったことから鎌倉幕府の保護も厚く鶴岡八幡宮と並ぶ崇敬を集めた。
　江戸時代末までは寺院として法華堂があった。明治維新に白旗神社と改められた。

　室町時代の１３９９年(応永６年)佐竹義盛が出家し、屋敷のそばに寺を建て多福寺と名付けたといいます。それがこの大宝寺の前身で、その後、廃寺になっていたものを、１４４４年(文安元年)、本覚寺を開いた日出(にっしゅつ)が再興し、多福寺の名を山号に残し、大宝寺に改めたと伝えられています。
　本堂には、本尊の三宝本尊と四菩薩像、その前に日蓮上人像、左側に開山日出と新羅三郎義光の像、右側に出世大黒天と鬼子母神像などがまつられています。

１２７４年の創建。開基は北条氏の家臣・宿谷光則（やどやみつのり）、開山日朗上人。
　開基の宿谷光則は、日蓮が佐渡に流罪になったとき、ともに捕らえられた日蓮の高弟日朗を幽閉し監視する任についたが、日朗は自らの不運を嘆くことなく、弟子の案ずる姿に心打たれた光則は、後に日蓮宗に帰依し、屋敷を寺にしたといわれる。
　１６５０年建立の本堂の中には非公開ではあるが、日蓮、日朗の坐像が安置され、境内の後山には日朗が幽閉されたという土牢跡が残っている。