祭神は後鳥羽天皇、順徳天皇、土御門天皇。
　「承久の乱」（１２１２年）の朝廷側の人物たちで、幕府は勝利をおさめ、後鳥羽帝を隠岐へ、順徳帝を佐渡に配流し、両帝ともその地で歿した。また、土御門帝はみずから土佐、のちに阿波へおもむいた。
　その争いに勝つには勝ったものの、幕府は後鳥羽帝の怨霊をおそれ（実際にさまざまな怪異が生じたという）、１２４７年（宝治元年）四月に当社を創建した。そのときか、のちのことか不詳ながら、順徳帝を合祀、土御門帝は明治以降の合祀である。

　旧本山は大本山本圀寺（六条門流）。通師・堀ノ内法縁。
　建長５年（１２５３年）に日蓮が安房より移り住んだ松葉ヶ谷草庵跡に開かれたとされ、現在も境内奥の山腹に「御小庵趾」の碑がある。ただし、ごく近隣の安国論寺、長勝寺も、それぞれ松葉ヶ谷草庵跡を称しており、すべて開山は日蓮、創建は草庵が置かれた建長５年としている。
実質的な開山は日蓮より数えて第５世となる楞厳法親王妙法房日叡（りょうごんほうしんのうみょうほうぼうにちえい）で、延文２年（１３５７年）のことである。

　白旗神社のある所は、源頼朝の館のあった大倉御所の北隅で、持仏堂があった所。頼朝の死後は、法華堂と呼ばれ、ここに葬むられていました。源頼朝の持仏堂であったことから鎌倉幕府の保護も厚く鶴岡八幡宮と並ぶ崇敬を集めた。
　江戸時代末までは寺院として法華堂があった。明治維新に白旗神社と改められた。

　室町時代の１３９９年(応永６年)佐竹義盛が出家し、屋敷のそばに寺を建て多福寺と名付けたといいます。それがこの大宝寺の前身で、その後、廃寺になっていたものを、１４４４年(文安元年)、本覚寺を開いた日出(にっしゅつ)が再興し、多福寺の名を山号に残し、大宝寺に改めたと伝えられています。
　本堂には、本尊の三宝本尊と四菩薩像、その前に日蓮上人像、左側に開山日出と新羅三郎義光の像、右側に出世大黒天と鬼子母神像などがまつられています。

１２７４年の創建。開基は北条氏の家臣・宿谷光則（やどやみつのり）、開山日朗上人。
　開基の宿谷光則は、日蓮が佐渡に流罪になったとき、ともに捕らえられた日蓮の高弟日朗を幽閉し監視する任についたが、日朗は自らの不運を嘆くことなく、弟子の案ずる姿に心打たれた光則は、後に日蓮宗に帰依し、屋敷を寺にしたといわれる。
　１６５０年建立の本堂の中には非公開ではあるが、日蓮、日朗の坐像が安置され、境内の後山には日朗が幽閉されたという土牢跡が残っている。

　北条氏六代執権・北条長時が１２５１年に創建して、浄土（諸行本願義）、真言、華厳、律の四宗兼学の寺として、開山に真阿（真聖国師）を迎えた。真聖国師は法然からつづく善導大師本願の弟子であったので、創建当時は浄土宗の寺でした。
　１３３５年、一時足利尊氏がこの寺に引き篭り、後醍醐天皇に対し挙兵する決意を固めたという。尊氏、直義兄弟の帰依は厚く、尊氏による寺領寄進、直義による仏舎利の寄進などが行われたことを書いた古文書が残っています。