後醍醐天皇の第三王子でありながら出家した大覚大僧正が正平年中（１３４６～）全国を旅し布教の途次、鞆から本郷に出て尾道入りし、番所からこの谷を下られ、同所で説法され滞在されたとか。このあと長江一丁目妙宣寺の建立を発願され、同寺は１３５４年に完成している。
本尊は法華宝塔釈迦牟尼仏である。寺記によると、１６１５～１６２３年の頃、寺運が衰えたが、１７０８年本堂を再興し、次いで１７８２年現在の本堂を再建した。
本堂の後ろには加藤清正を祀る清正公堂があり、熊本の本妙寺のと同作の清正等身大の肖像が安置されている。