延元元（１３３６）年二月、足利尊氏が九州から大挙東上の途中、弟直義と当寺に宿陣して軍義した。光厳院の院宣を受け錦旗を掲げ意気衝天した。
暦応二（１３３９）年、鞆合戦。南北朝期当寺に本営を置きし北朝軍と大可島に陣する南朝軍との激戦は十数日にも及び、旧記什物は勿論殿堂灰燼に帰し、大永年中安国寺六世曇叟華禅師再建し禅刹とす。
※暦応三（１３４０）年とも・・・
大永年中（１５２５年頃）、安国寺六世・曇隻華（どんそうか）禅師が再建し禅刹とした。
天正三（１Z７５）年、京を追われた１５軍・足利義昭が、当地に宿陣の毛利輝元を頼って当寺に愚居したが、羽柴秀吉と毛利の和議が成立するや、常国寺（山を隔てた熊野町）に移住した。
古人曰く「足利は小松に興り、小松に亡ぶ」といわれた。