この神社は昔、熊野十二所権現社といって１２７８年(弘安元年)には光触寺の境内にありました。１８３８年(天保９年)に今の土地を寄付する人がおり、当時３０戸の村人の協力で神社を移しました。明治になって神仏分離となり、天神七柱(あまつかみななはしら)、地神五柱(くにつかみいつはしら)の十二柱の神様をまつり、社名を十二所神社と改め、今日に至っています。