正和年間（１３１２～１６）に退居寮として開創。 禅師は曹洞宗を修めた中国元の高僧で、１３０９年、時の執権北条貞時の招きで来日し、１３１０年円覚寺第１０世となり、暦応３年当寺にて遷化するまで、建長寺（１８世）、寿福寺などの住職を務めた。江戸時代前期には４０の塔頭があった。 現在は１８寺の塔頭があり、そのうち住職のおられるところは１３寺。 白雲庵はその中で最も古い塔頭である。

　白雲庵は円覚寺塔頭で、暦応３年(１３４０)に示寂(入寂)した円覚寺第１０世東明慧日(とうみんえにち)禅師の塔所で、円覚寺の塔頭のひとつです。禅師は、北条貞時(時宗の子)が中国元から招いた高僧です。創建された、円覚寺の数ある塔頭の中でも、最も古い歴史を持っています。庵名の由来は、禅師が中国白雲山の住職だったこと、また「白雲抱幽石」という漢詩の一説に因んでいます。