この寺の前身は建保六年(１２１８)に北条義時が建てた大倉薬師堂だという。それ年寺に改め覚園寺としたのは永仁四年(１２９６)のことである。元冦の難を逃がれることを祈願してのことでした。鎌倉時代を通じて北条氏の滅亡後建武中興に際しては後醍醐天皇の勅願所となり、建武の中興後は足利氏の祈願所ともなり、代々の為政者に保護されました。初期の伽藍は火災によって失われましたが、文長三年(１３５４)には足利尊氏の援助で仏殿が復興されました。尊氏のこの寺に対すなみなみならぬ力の入れ方がよくわかります。