１３１６正和5年、文章博士などを務めた菅原長員が、その祖父菅原長貞の供養のため、鎌倉建長寺より本覚了堂禅師を招き開山した。
その後、一時衰微したものを信濃の国出身の玉叟珍（１５６３年没）が中興したと伝えられている。 開山以来代々知識人として知られた菅原氏と縁が深く、１５８４年の北条氏直の版物状や、鎌倉仏師として知られる後藤四郎兵衛藤原義貴の作による地蔵菩薩立像などが残されている。
開基の菅原長員は文章博士(もんじょうはかせ)ですが、文章博士は７２８年(神亀5５年)に初めて１人が置かれた教職に従事する官吏。
８３４年（承和１年）には制度が変わり、文章博士の定員が２名となり東宮(とうぐう)学士、大外記(だいげき)を兼ねるようにもなり、そのころから菅原(すがわら)、大江の両氏がその地位を世襲するようになりました。