１３００年頃、鎌倉時代末期に建立。 開山は鎌倉建長寺の３５代管長、本覚了堂禅師、開基は菅原長員。

１３１６正和5年、文章博士などを務めた菅原長員が、その祖父菅原長貞の供養のため、鎌倉建長寺より本覚了堂禅師を招き開山した。
　その後、一時衰微したものを信濃の国出身の玉叟珍（１５６３年没）が中興したと伝えられている。 開山以来代々知識人として知られた菅原氏と縁が深く、１５８４年の北条氏直の版物状や、鎌倉仏師として知られる後藤四郎兵衛藤原義貴の作による地蔵菩薩立像などが残されている。

　江戸時代には寺子屋も開かれ、後には｢新戸学校｣も開かれるなど、当地の学問の中核地であったようです。

　開基の菅原長員は文章博士(もんじょうはかせ)ですが、文章博士は７２８年(神亀5５年)に初めて１人が置かれた教職に従事する官吏。
　８３４年（承和１年）には制度が変わり、文章博士の定員が２名となり東宮(とうぐう)学士、大外記(だいげき)を兼ねるようにもなり、そのころから菅原(すがわら)、大江の両氏がその地位を世襲するようになりました。

　お地蔵さまの前身はバラモンの大地の女神プリティヴィーで、天空の神ディヤウスと合体してディヤーヴァプリティヴィーとなり、他のすべての神と人間を生んだといわれている神です。そして、釈迦が悟りを開いた時、この神が地中から現れて釈迦の悟りを証明したといわれています。

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　悟りを得られなかった人間が地獄、餓鬼、畜生、修羅、人間、天の六道のなかを輪廻することから救うため、「六地蔵」が生まれました。

　六地蔵がうまれたのは、小野篁(おのの たかむら)が嘉祥二年(８４９)、熱病で意識を失って地獄に行き、そこで一人の僧が責苦に苛まれ苦しむ人々を救っているのを見た。僧は「私は地蔵菩薩である」と名乗り「六道の迷いの世界を巡りながら縁ある人々を救っているが、縁のない人を救うことはできず残念だ。貴方はこの地獄の有様と地蔵菩薩のことを人々に知らせてほしい」と語った。それを聞いて蘇った篁は、一本の桜の木で六体の地蔵菩薩像を刻んで大善寺の地に納めたことから、ここを六地蔵と呼ぶようになり、この話が庶民に地蔵信仰を広めたといいます。