１２６１年 ２３歳の一遍はこの地を訪れ、草庵を設けたのが始まり。その後上人は２度この地を訪れた。その高弟である他阿真教が１３０３年２月に遊行を終えて止住するために念仏道場を開いたのが起源であろう。１３１９年に真教が亡くなると、初期時衆教団の聖地となり、参詣者が引きも切らなかったことが他阿呑海の法語に遺っている。
鎌倉幕府が滅亡したとき、鎌倉幕府からの帰依を受けた無量光寺は一時衰退した。
戦国時代に無量光寺は歴代小田原北条氏の保護を受け、南関東を中心に勢力を誇った。しかし１５９０年に小田原北条氏が滅亡し、たび重なる火災のために、再び不振となった。