弘法大師が荻野富士（華厳山）と称する山頂付近の岩に経文を記した石を納めたことがことが起源とされている寺院。
寺院はその山のふもとにあってもと華厳山乗碩寺といった。その後興廃を繰り返したが、天正時代徳川家康は当寺を訪れた際寺の由来を聞いて感じ、松平と経石をからめて松平家が石のように堅固に栄えるようにと短歌を読んだ。その後この寺を松石寺と改称した。 「幾千代もかはらて松の栄えかし みのりの石のいはほならへて」－（家康）
当初は真言宗で、華厳山乗磧寺と号していた。その後林徳院と改号したこともあった。１４７５年宗派を曹洞宗に改宗し、寺号も旧に復した。１５９１年に華厳山松石寺と改めた。