慶長年間（１５９６～１６１４）に実相院日玖が創建したと伝えられています。実相院日玖は元気で充実した年頃に日常のつきあいを断ち、法宣寺十四世恵性院日親の弟子となり、修行し、法華経を読すること４０年、一万二千余巻におよんだ。
福山藩主・水野勝成殊勝に願い、寛永の末（１６４４年頃）今の地を賜い、三人扶持十一石を賜る。
本堂は、主として浄財を募り建立。上京し、本山から山号・寺号を請受した。庇護もあり、その勝俊の位牌が伝わる。承応年間（１６５２～１６５４年）に建立したと伝えられる三十番神堂があり、二代・日護の時、延宝年中（１６７３～１６８１）奉行・藤井六郎右衛門に願い出て、境内門前を広げ、四代・日義、元文四（１７３９）年に鐘を鋳造した。妙蓮寺本堂、鐘楼、山門とも元文年間（１７３６～１７４１）に再建された。