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　光明寺はその後一時衰えたようですが、江戸時代に徳川家康が、浄土宗の学問所として関東の主な寺院十八寺を十八檀林という有名な学問所と定めたとき、光明寺は江戸の芝にある増上寺に次ぐ学問所として選ばれ、大いに栄えました。また、光明寺は、家康などの将軍から寺領の寄進を受けただけでなく、大名の内藤家からも寄進を受け、内藤家の菩提寺となってからは大名寺としても栄えました。