足利義昭が身を寄せていた(後ろ山の奥、熊野町の)常国寺の末寺であったが絶えて、慶長年間(１５９６～１６１４年)１６００年頃、福島正則(芸備藩主)によって、この顕政寺などの寺々をほぼ一直線に結ぶ寺町(町割り)が形成されました。正善院日実は顕政寺を再建し、日蓮宗に改め二代・日運は、本堂と庫裡を拡張する事績を遺し、四代目の日富は、延宝年中(１６７３～１６８０年)に、奉行・藤井六郎右衛門に願い出て門前の境内を拡め、今日の基礎を築いた、と伝えられています。