ポルトガル人の宣教師ルイス・フロイスが「日本最大の海賊」と呼んだのが、瀬戸内海の能島(のしま)、来島(くるしま)、因島(いんのしま)の三島を拠点とした村上水軍です。
村上水軍は、西日本で幅広く海上の傭兵として働き、来島の村上氏は、室町幕府の公用船や明、朝鮮の交易船の警護を引き受けて利を得ていました。
毛利氏と手を結んで村上一族の最盛期を築いた村上武吉(たけよし)は、能島に巨大な海上要塞をつくりあげました。これは１５８５年に豊臣秀吉の命を受けた小早川氏の侵攻で焼き払われたのですが、のちに能島からは大陸の磁器の破片や輸入銭などがざくざくと発掘され、村上氏の活動範囲の広さを後世に伝えています。