「海賊」という意味は、①襲って財貨を強奪する盗賊、②水軍(水上の軍隊)の異称、と辞書にあります。
倭寇は襲って財貨を強奪する盗賊のようですね。
一方、中世の村上水軍などは、普段は水先案内（村上水軍のいた今の「しまなみ海道」あたりは、瀬戸内海の中央で、干満の差が３ｍ以上あり、干潮や満潮の時間帯を除くと、潮の流れが速く、海底の岩が船底に当たるか、また、どこが本州なのか島なのか、分からないので、水先案内が必要でした。
ただ、戦になると傭兵として利益を得る集団でした。いわゆる比叡山などの僧兵と同じような立場だったのでしょう！