当寺は８３４～８４８年、伝教大師の高弟持光上人により、天台宗の寺として創創され、寺号は日輪山天禅寺と号し本尊は立像・聖観音菩薩の霊像でありました。
この天台宗時代の寺宝も数点伝わり、中でも絹本着色・普賢延命菩薩像は１１５３年と銘が記されており、この仏画は「保元・平治の乱」の直前・鳥羽法皇の御宇、最愛の御子・近衛天皇の御息災を祈願された尊像であり、現在「国宝」に指定されております。
１３８２年浄土弘伝の沙門善空頓了上人により本尊、立像・来迎の阿弥陀如来を迎え浄土宗に改宗される、寺号も日輪山金剛台院持光寺と改めた。