鎌倉時代の１２８２年 鎌倉幕府執権北条時宗が元寇（文永の役）戦没者（両軍の兵士）追悼のため中国僧の無学祖元を招いて創建した。北条得宗の祈祷寺となるなど、鎌倉時代を通じて北条氏に保護された。
文永の役（１２７４年）に続いて、弘安の役（１２８１年）も起き、弘安の役での戦没者の慰霊も円覚寺の役目となった。
円覚寺の経営を主に支えた荘園は、尾張国富田庄（名古屋市）で、円覚寺の寺僧が派遣され海上交通を利用し結びついていた。
この寺は度重なる兵火や失火等の災害によって多くのお堂を焼失した。現在ある建物は１７０３年（元禄）の大地震以降再建されたものです。