１３３３年(元弘３年)、新田義貞(にったよしさだ)が鎌倉攻めをして北条氏を滅ぼしたとき、神社に戦勝を祈願し、成就(じょうじゅ)の後に黄金(こがね)作りの太刀(たち)と黄金(おうごん)を寄進(きしん)したので、それで社殿を再興したと伝えられます。
その後もたびたび修理や再建が行われました。現在の社殿のうち本殿は、江戸時代の１８１７年(文化１４年)に、腰越全町の人々が協力して建てたものですが、改修されています。また拝殿は、１９２９年(昭和４年)に建てられたもので、これも改修されています。
１８６８年(明治元年)の神仏分離(しんぶつぶんり)で小動神社と名を改めました。また、１９０９年(明治４２年)は村内にあった諏訪社がここに移されたので、建御名方神(たてみなかたのかみ)もいっしょにまつっています。