開基は、遠く天平の世、諸国に建立された頃と伝えられている。古くは禅宗で善性寺といい、１５７３～１５９１年尾道権現山城（千光寺山城）主杉原民部太夫元垣の菩提所となった。杉原氏の没落後は寺運も衰えたが、１５９６～１６１４年の頃、性意が中興して真言宗にかわり善勝寺と改名した。
本尊は聖観世音菩薩（市重文）。これは一名「萩の観音」とも呼ばれている。現在の本尊は１６９４年住職隆慶・その弟子頼音のときに、当地の小物小屋浄甫が再建したものを１９８０年に修復したものである。１６６４年６月正遍建立の持仏堂がある。