本尊の薬師如来は、今から410年前（1597）に祀られたものである。 慶長年間（1596-1615）に入る頃、流行病に悩む者が溢れ、 時の本寺である勝楽寺四世棟岩宗梁禅師が この三増地区に寺を作り本尊として薬師如来を祀り、 この地の人々を病から救ったことが棟岩院の縁起。 現在でもこの薬師様の御利益を頂くため多くの参詣者が訪れる。 毎年5月第3日曜日には、三増薬師例大祭が行われる。