善行寺は天文年間(１５３２～１５５４年)、１５４０年頃に、法善という僧侶によって上山田村（熊野町）に開基されたのがはじまりと伝えられています。その後、慶長２(１５９７)年、玉伝和尚が医王寺下に遷し、その子・玉真が、正保年間(１６４４～１６４７年頃)に、現在地に再移転。江戸時代を通して、朝鮮通信使の常宿としても機能していました。