妙本寺の祖師堂の建立は、その棟札から１８３８年と推定されている。
　桁行 (正面約１８.７ｍ) 五間、梁間 (奥行約１９.７ｍ) 六間、瓦葺き入母屋造り。

　日蓮、日朗、日輪が祀られている。

　現在の建物は、天保年間（１８３０～１８４３年）に、第四十七世日教によって再建されたと伝えられている。